במרכז ללימודי פסיכותרפיה בגישה פסיכואנליטית קיימות שלוש תכניות לימודים: התכנית ללימודי פסיכותרפיה בגישה פסיכואנליטית, התכנית ללימודי פסיכותרפיה בגישה פסיכואנליטית בילדים ובמתבגרים ותכנית ללימודים מתקדמים בפסיכותרפיה פסיכואנליטית .

שתי התכניות הבסיסיות ללימודי פסיכותרפיה שוקדות על לימוד שיטתי ומעמיק של פסיכותרפיה בגישה פסיכואנליטית. התכנית ללימודי פסיכותרפיה בגישה פסיכואנליטית בילדים ובמתבגרים כוללת, בנוסף ללימודי יסוד בתיאוריה ובכתבים הפסיכואנליטיים, תכנים ספציפיים לעבודה עם ילדים, עם מתבגרים ועם הוריהם, וסמינרים קליניים בהם נחשפים התלמידים לגישות שונות לעבודה הטיפולית.
הלימודים במסלול זה מיועדים למטפלים המעוניינים להעמיק את הידע שלהם בפסיכותרפיה פסיכואנליטית בכלל, ובעבודה הטיפולית עם ילדים ומתבגרים, במיוחד.

התכנית ללימודים מתקדמים מתבססת על ההנחות כי הבאים ללמוד בה גיבשו את עמדתם הטיפולית, ולאחר שצברו ידע שיטתי ומעמיק בתיאוריה ובכתבים הפסיכואנליטיים הם מבקשים להמשיך ולהתבונן במעשה ובתיאוריה הטיפוליים, לבחון מחדש את הנחות היסוד שלהם ולאמץ לעצמם את ההסתכלות החתרנית המאפיינת את הפסיכואנליזה.
הלימודים מתמקדים על כן בעמדה התיאורטית של ביון הרואה בידע ובתאוריות הקיימות בסיס זמני בלבד לאורו ניתן לבחון גם אותם עצמם. הלימוד המשותף מאופיין בקריאה בית מדרשית של טקסטים ומלווה בהתבוננות מקרוב על ההתרחשות הטיפולות. כך מתחלקים הלימודים המתקיימים אחת לשבועיים לקריאה בתיאוריה ולסמינר קליני.

תוכניות הלימודים הבסיסיות מיועדות
לפסיכולוגים קלינים ומתמחים בפסיכולוגיה קלינית.
לפסיכיאטרים ומתמחים בפסיכיאטריה.
לעובדים סוציאליים בעלי תואר שני וניסיון בעבודה בבריאות הנפש.

התכנית ללימודים מתקדמים מיועדת
בוגרי תכניות מוכרות לפסיכותרפיה בה.ל.פ.ב.א.
לפסיכולוגים קליניים, פסיכיאטרים ועובדים סוציאליים, בוגרי תכנית לפסיכותרפיה.